По преданию, Грузия (Иверия) — апостольский жребий Божьей Матери. После Вознесения апостолы собрались в Сионской Горнице и бросали жребий, в какую страну идти каждому из них. Пресвятая Дева Мария пожелала принять участие в апостольской проповеди. Ей выпал жребий идти в Иверию, однако Господь велел Ей остаться в Иерусалиме. На север отправился святой апостол Андрей Первозванный, который взял с собой нерукотворный образ Богородицы.
Св. Андрей обошел с проповедью Евангелия многие города и селения Грузии. В г. Ацкури, близ современного г. Ахалцихе, по молитве апостола воскрес умерший незадолго до его прихода сын вдовы, и это чудо подвигло жителей города принять Cвятое Крещение. Ап. Андрей поставил новопросвещенным епископа, иереев и диаконов, а перед отбытием в путь оставил в городе икону Богородицы (празднование в честь Ацкурской иконы Пресвятой Богородицы совершается 15/28 августа). Кроме святого апостола Андрея в Грузии проповедовали святые апостолы Симон Кананит и Матфий. Древнейшие источники сообщают и о проповеди в Восточной Грузии святых апостолов Варфоломея и Фаддея.
Первые века христианство в Грузии подвергалось гонениям. К началу второго века относят мученическую кончину святого Сухия и его дружины (память 15/28 апреля). Однако уже в 326 г. христианство стало в Иверии государственной религией благодаря проповеди святой равноапостольной Нины (память 14/27 января и 19 мая/1 июня – в Грузинской Церкви эти дни относят к числу великих праздников). Исполняя волю
Пресвятой Богородицы, св. Нина из Иерусалима пришла в Грузию и окончательно утвердила в ней веру Христову.
Основателями монашеской жизни в Грузии стали преподобный Иоанн Зедазнийский и 12 сирийских отцов, т. н. вторые апостолы Грузии (VI в.). Как повествует Житие Иоанна Зедазнели, созданное его учеником Василием Зедазнийским, преподобный Иоанн подвизался в Антиохии и прославился многочисленными чудесами. Однажды во сне ему предстала Пресвятая Богородица и повелела выбрать из числа учеников 12 монахов и идти с ними проповедовать в Грузию. После долгого поста и молитвы он выбрал по жребию 12 учеников. Житие передает, что с известием о прибытии «сонма светил, воссиявших в Месопотамии» Грузинскому католикосу Евлавию и царю Парсману предстал ангел и старцы были встречены у Мцхеты с большими почестями.
Святой Иоанн и его ученики обосновались на горе Зедазени, где до проповеди святой Нины находилось капище языческого бога Задени. Преподобный Иоанн, исполняя повеление, полученное им во сне, разослал учеников во все пределы Грузии, с тем чтобы они основывали монастыри и возводили церкви. Святые подвижники основали 13 монастырей, которые по сей день являются оплотом Грузинской Православной Церкви.
Первоначально Грузинская Церковь была в юрисдикции Антиохийского Патриархата, однако уже в V в. она получила автокефалию (самостоятельность). Этому, по-видимому, способствовало в числе прочих то обстоятельство, что Грузия была самостоятельным христианским государством вне границ Византийской империи. С XI в. предстоятель Грузинской Церкви носит титул католикос-патриарх.
Всю свою историю Грузия вела борьбу с захватчиками, которые стремились не только захватить страну, но и искоренить в ней христианство. Например, в 1227 г Тбилиси подвергся нашествию хорезмийцев во главе с Джалал-ад-Дином. Тогда на мост были вынесены иконы, и все жители города должны были, проходя по мосту, плевать на лики икон. Тем, кто этого не делал, тут же отрубали голову и сталкивали в реку. В тот день 100 000 христиан Тбилиси приняли мученическую смерть (их память совершается 31 октября/13 ноября).
Тяжелое положение православных грузин вынуждало их начиная с XV в. время от времени обращаться с просьбой о помощи к единоверной России. В итоге в начале XIX в. Грузия была присоединена к Российской империи и автокефалия Грузинской Церкви была упразднена. Был образован Грузинский Экзархат, которым управлял экзарх в сане митрополита, позднее — в сане архиепископа. За время существования Экзархата в церковной жизни был наведен порядок, улучшилось материальное положение церкви, были открыты духовные учебные заведения, развивалась наука. В то же время, происходило вытеснение грузинского языка из богослужения, преподавание в семинариях также велось на русском языке. Сократилось число епархий, церковное имущество оказалось в распоряжении русских светских властей, экзархами назначались архиереи русской национальности. Все это вызывало многочисленные протесты.
В конце XIX — начале XX вв. существовало ясно выраженное стремление православных грузин к автокефалии. В феврале 1917 г. в России произошла революция, а 12 марта в древней столице Грузии Мцхета было провозглашено восстановление автокефалии Грузинской Церкви. 17 сентября 1917 г. на Соборе в Тбилиси католикос-патриархом был избран епископ Кирион (Садзаглишвили). Русская Церковь сначала не признала восстановление автокефалии, в результате чего произошел разрыв молитвенного общения между двумя Церквами. Общение было восстановлено в 1943 г. при патриархе Сергии (Старгородском) и католикос-патриархе Каллистрате (Цинцадзе). В 1990 г. автокефалию Грузинской Церкви признал Вселенский (Константинопольский) Париархат.
С 1977 г. Католикос-Патриархом всея Грузии является Святейший и Блаженнейший Илия II. Он дан в утешение Грузинскому народу, людям своей эпохи, людям, измученным гражданской войной, недоеданием, болезнями и безработицей. Он похож на пророка Моисея, который ведет свой народ через пустыню в Землю Обетованную, о которой так мечтают люди. В нем есть незримая красота и сила. Он имеет дар материнской любви к человеку, которая в каждом народе называется святой.